Сейчас нередко встречаются случаи, когда в качестве контрагента выступает предприятие плательщик единого налога. Однако, предприятия, которые уплачивают единый налог 5%, столкнулись с трудностями при продаже своей продукции субъектам хозяйствования, которые работают на общей системе. Одним из важнейших аргументов при выборе упрощенной системы является весьма облегченный бухучет и относительно простая отчетность. Наверняка мысли об удобстве сотрудничества с предпринимателями и предприятиями плательщиками НДС и налога на прибыль возникали у «упрощенщиков» в последнюю очередь. В конце концов платит за такую недальновидность потребитель. В основе этой проблемы лежит вопрос расхождения обязательств по учету НДС с отсутствием права на налоговый кредит у продавцов и покупателей.
Предприятие 1 — поставщик товара для Предприятия 2, а предприятие 2 — перепродает товар Предприятию 3. Если все три предприятия являются плательщиками НДС, никаких проблем в их взаиморасчетах не будет. Проблемы возникнут, если, например, Предприятие 2 перейдет работать по упрощенной системе, и перестанет платить НДС. Предприятие 3, как плательщик НДС, не получит право налогового кредита, и, соответственно, переплатит в доход государства большую сумму налога на добавленную стоимость в сравнении с тем, если бы оно купило товар у плательщика налога на добавленную стоимость.
Субъект-неплательщик НДС включает в цену товара размер входящего НДС. Покупатель-плательщик НДС, покупая товар у неплательщика, компенсирует долю потери от входного НДС, когда продаст товар с увеличенной наценкой. Как известно экономической науке, перепродажа товара с большой наценкой, уменьшает расходы в процентном соотношении.